新株予約権の発行と登記｜ストックオプションの仕組み・発行手続・登記事項・登録免許税9万円を条文で整理

新株予約権とは、株式会社に対して行使することで、その会社の株式の交付を受けることができる権利です（会社法2条21号）¹。あらかじめ権利だけを発行しておき、権利者が後から行使して初めて株式が交付されるため、発行の時点では発行済株式の総数も資本金も増えず、行使に応じて会社が新たに株式を発行したときに増える（自己株式を交付したときは増えない）、という時間差のある仕組みになっています。発行しただけでも新株予約権の数や内容は登記事項になるので（911条3項12号）、原則2週間以内の変更登記が必要で（915条1項）、この登記の登録免許税は申請1件につき9万円の定額です（登録免許税法別表第一24号(一)ヌ）²³⁴。

本記事は新株予約権の発行手続と登記が主題です。株式そのものを発行して出資を受ける手続きは新株発行（募集株式の発行）とはが、増資という言葉の全体像は増資とはが、資本金の額の変更登記の税額計算と申請実務は増資の手続きと変更登記が、特定の相手に割り当てる増資の深掘りは第三者割当増資が担当しています。

知りたいこと	答え
新株予約権とは	会社に行使することで株式の交付を受けられる権利（2条21号）。行使して初めて株式が交付される¹
ストックオプションとの関係	役員・従業員へのインセンティブ目的で発行される新株予約権が、一般に「ストックオプション」と呼ばれる（本文で一般論のみ）
誰が発行を決めるのか	原則は株主総会の特別決議（238条2項・309条2項6号）。公開会社の原則は取締役会の決議（240条1項）。有利発行の場合は公開会社でも株主総会に戻る（238条3項）⁵⁶⁷
無償でも発行できるか	できる。募集事項で「金銭の払込みを要しない」と定める（238条1項2号）。ただしそれが特に有利な条件なら理由説明が必要⁵
登記は必要か	必要。新株予約権の数・内容などが登記事項（911条3項12号）で、原則2週間以内に変更登記（915条1項）²³
発行の登記の登録免許税	申請1件につき9万円の定額（別表第一24号(一)ヌ）⁴
行使されたらどうなるか	行使した日にその株式の株主となり（282条1項）、新株を発行した場合は資本金等の変更登記が別途必要（毎月末日基準のまとめ申請可。915条3項1号）⁸³

新株予約権とは｜定義と仕組み

会社法2条21号は、新株予約権を「株式会社に対して行使することにより当該株式会社の株式の交付を受けることができる権利」と定義しています¹。ポイントは、これが株式そのものではなく、株式を手に入れるための権利だという点です。権利者（新株予約権者）が行使期間内に権利を行使し、決められた金額（行使価額）を払い込むと、そのとき初めて株式が交付されます。

発行にあたって、会社は次のような事項を新株予約権の「内容」として定めなければなりません（236条1項各号）⁹。

目的である株式の数（またはその算定方法）
行使に際して出資される財産の価額（いわゆる行使価額）またはその算定方法
行使することができる期間
行使により株式を発行する場合に増加する資本金・資本準備金に関する事項
譲渡による取得に会社の承認を要するとするときは、その旨　など

行使期間が満了するなどして行使できなくなった新株予約権は、消滅します（287条）¹⁰。

なお、本記事は種類株式発行会社でない株式会社の一般的なケースを対象とし、新株予約権付社債（2条22号）や上場会社の実務には立ち入りません。

ストックオプションとしての利用｜一般論

新株予約権の代表的な使い途が、役員や従業員に付与するストックオプションです。あらかじめ決めた行使価額で自社株式を取得できる権利を渡しておけば、その後に会社の価値が上がるほど権利の値打ちも増すため、「会社を成長させる動機づけ」として機能する、というのが一般的な説明です。役員・従業員向けには金銭の払込みを要しない無償発行（238条1項2号）の形が使われることもあれば、投資家向けなどに払込金額を定めて有償で発行する形もあります⁵。

税務面では、ストック・オプション税制と呼ばれる課税の特例（租税特別措置法29条の2）が存在します¹¹。もっとも、この特例の適用要件や課税のタイミングは付与対象者・行使価額・株式の管理方法などの設計に大きく左右される専門性の高い領域なので、本記事では立ち入りません。ストックオプションの制度設計や税務上の取扱いは、税理士・弁護士等の専門家に相談したうえで進めてください。

発行手続の流れ｜募集事項の決定から払込みまで

第三者に新株予約権を引き受けてもらう一般的な発行（募集による発行）の流れを、条文にそって追います。

ステップ1: 募集事項の決定（238条）

会社は、発行する新株予約権を引き受ける者の募集をしようとするときは、その都度、募集事項を定めます（238条1項柱書）⁵。定める事項は次のとおりです（同項各号）。

募集新株予約権の内容及び数
金銭の払込みを要しないこととする場合には、その旨（＝無償発行）
それ以外の場合には、払込金額（募集新株予約権1個と引換えに払い込む金銭の額）またはその算定方法（＝有償発行）
割当日（募集新株予約権を割り当てる日）
払込みの期日を定めるときは、その期日　など

ステップ2: 決定機関｜原則は株主総会の特別決議

募集事項の決定は、原則として株主総会の決議によります（238条2項）⁵。この株主総会決議は309条2項6号に列挙された特別決議で、議決権を行使できる株主の議決権の過半数（定款で3分の1まで引下げ可）を持つ株主が出席し、出席株主の議決権の3分の2以上（定款で引上げ可）の賛成が必要です⁶。

ただし、例外がいくつもあるため、「必ず株主総会」とは限りません。

場面	決定機関	根拠
原則	株主総会の特別決議	238条2項・309条2項6号⁵⁶
株主総会が決定を委任した場合	取締役（取締役会設置会社では取締役会）	239条1項¹²
公開会社（有利発行の場合を除く）	取締役会の決議	240条1項⁷
有利発行	公開会社でも株主総会の特別決議に戻る	238条3項・240条1項⁵⁷

委任（239条）。募集事項の決定は、株主総会の決議で取締役（取締役会設置会社なら取締役会）へ委任することもできます。その際は、委任に基づいて決定できる募集新株予約権の「内容及び数の上限」と、無償とする場合はその旨（有償の場合は払込金額の下限）を定める必要があり、この委任は割当日が決議の日から1年以内の募集についてのみ効力を持ちます（239条1項・3項）¹²。委任の決議自体も特別決議です（309条2項6号）⁶。なお、無償とすることが引受人に特に有利な条件であるとき、または定めた払込金額の下限が特に有利な金額であるときは、取締役はその委任を決める株主総会で、その条件・金額で募集をする必要性の理由を説明しなければなりません（239条2項）¹²。

公開会社の特則（240条）。公開会社では、238条3項各号の場合（後述の有利発行）を除き、条文の読み替えによって募集事項の決定機関が取締役会となります（240条1項）。その代わり、割当日の2週間前までに株主へ募集事項を通知することが原則として必要です（公告で代替可。募集事項について割当日の2週間前までに金融商品取引法上の届出をしている場合等は不要。240条2項〜4項）⁷。

有利発行。無償とすることが引受人に「特に有利な条件」であるとき、または払込金額が「特に有利な金額」であるときは、取締役は株主総会でその条件・金額で募集する理由を説明しなければなりません（238条3項）⁵。この場合は公開会社でも取締役会限りでは決められず、株主総会の特別決議が必要になります（240条1項が238条3項の場合を除外しているため）⁷。無償発行が直ちに有利発行になるわけではありませんが（職務執行の対価として付与する場合など）、該当するかどうかは個別性の強い判断なので、迷う場合は弁護士・司法書士等にご相談ください。

ステップ3: 申込みと割当て（243条・245条）

会社は、申込者の中から割当てを受ける者と、その者に割り当てる数を定めます。申込数より減らして割り当てることもできます（243条1項）¹³。目的である株式の全部または一部が譲渡制限株式である場合や、募集新株予約権自体が譲渡制限新株予約権である場合には、この割当ての決定は株主総会（取締役会設置会社では取締役会）の決議によることが原則です（定款で別段の定め可。243条2項）¹³。会社は割当日の前日までに、申込者へ割り当てる数を通知します（243条3項）¹³。

割当てを受けた申込者は、割当日に新株予約権者となります（245条1項）¹³。発行の効力はここで生じるため、後述する変更登記の起点もこの日が基準になります。

ステップ4: 有償発行の場合の払込み（246条）

払込金額を定めた有償発行では、新株予約権者は、行使期間の初日の前日（払込期日を定めたときはその期日）までに、払込金額の全額を払い込みます（246条1項）¹⁴。会社の承諾を得れば、金銭の払込みに代えて金銭以外の財産を給付したり、会社に対する債権と相殺したりすることもできます（246条2項）¹⁴。期限までに払込み（給付・相殺を含む）をしないと、その募集新株予約権を行使することができません（246条3項）¹⁴。

新株予約権原簿（249条）

会社は、新株予約権を発行した日以後遅滞なく、新株予約権原簿を作成しなければなりません（249条）¹⁵。証券を発行しない通常の新株予約権であれば、新株予約権者の氏名・名称と住所、その有する新株予約権の内容と数、取得した日などを記載・記録します（同条3号）¹⁵。株主名簿の新株予約権版にあたる帳簿で、誰がどの権利をいくつ持っているかを管理する基礎になります。

行使の手続きと株主になる時期

新株予約権の行使は、行使に係る新株予約権の内容・数と、行使する日を明らかにして行います（280条1項）¹⁶。金銭出資の場合、新株予約権者は行使日に、会社が定めた銀行等の払込取扱場所で行使価額（236条1項2号の価額）の全額を払い込みます（281条1項）¹⁶。発行時の払込み（246条2項）と違い、行使時の払込みは会社に対する債権との相殺ができません（281条3項）¹⁶。また、会社が自己新株予約権を自分で行使することはできません（280条6項）¹⁶。

行使した新株予約権者は、行使した当日に、目的である株式の株主になります（282条1項）⁸。株式の交付と株主資格の取得が行使日を基準に決まる点が、この制度の特徴です。行使に応じて会社が新株を発行すれば発行済株式の総数と資本金の額が増え、後述の変更登記につながります。

登記事項と期限｜発行したら2週間以内に変更登記

株式会社が新株予約権を発行したときは、次の事項が登記事項になります（911条3項12号）²。

新株予約権の数
236条1項1号〜4号に掲げる事項（目的である株式の数・行使価額またはその算定方法・現物出資の定め・行使期間）
行使の条件を定めたときは、その条件
取得条項（236条1項7号）・無償発行の旨（238条1項2号）
払込金額（算定方法を定めた場合で登記申請時までに確定していないときは、その算定方法）　など

登記事項に変更が生じたときは、2週間以内に本店の所在地で変更登記をしなければなりません（915条1項）³。新株予約権の発行では、割当日に申込者が新株予約権者となって（245条1項）登記事項に変更が生じるため、そこから2週間以内が申請期限の目安になります¹³³。

発行の登記の登録免許税｜申請1件につき9万円

新株予約権の発行による変更の登記の登録免許税は、登録免許税法別表第一24号(一)ヌにより、申請件数1件につき9万円です⁴。資本金の額に連動する税率ではなく定額で、無償発行でもこの税額はかかります。発行の時点では資本金は増えないので、資本金の増加に係る税（次節）はまだ発生しません。

行使があったときの変更登記｜概要

新株予約権が行使され、会社が新株を発行すると、発行済株式の総数と資本金の額という登記事項が変わるため、あらためて変更登記が必要になります。この登記には期限の特例があり、毎月末日現在でまとめて、その末日から2週間以内に申請すれば足ります（915条3項1号）³。行使のたびに申請しなくてよい、という趣旨です。

税額は、資本金の増加の登記として、増加した資本金の額に1000分の7を乗じた額（計算結果が3万円に満たない場合は申請1件につき3万円）です（別表第一24号(一)ニ）⁴。資本金計上のルールや税額の計算例・申請書の書き方は増資の手続きと変更登記で扱っています。増資という枠組みの中での位置づけは増資とはを参照してください。

FAQ｜よくある質問

Q. 新株予約権の発行と新株発行（募集株式の発行）はどう違いますか。

A. 別の制度です。募集株式の発行（199条以下）は株式そのものを引き受けてもらって出資を受ける手続きで、効力発生とともに株式が交付されます。新株予約権の発行は「将来株式の交付を受けられる権利」を先に発行する手続きで、株式が交付されるのは権利者が行使したときです¹⁸。手続きの構造は似ていますが、根拠条文（238条以下と199条以下）も登録免許税の区分も異なります。募集株式の発行の全体像は新株発行（募集株式の発行）とはで解説しています。

Q. 無償で発行すれば費用はかかりませんか。

A. 引受人からの払込みを不要とすることはできますが（238条1項2号）⁵、発行による変更登記の登録免許税9万円（別表第一24号(一)ヌ）は無償発行でも必要です⁴。また、無償とすることが引受人に特に有利な条件に当たる場合には、株主総会での理由説明と特別決議が必要になります（238条3項・309条2項6号）⁵⁶。有利発行への該当性は個別判断なので、専門家にご確認ください。

Q. ストックオプションを発行したいのですが、税金の扱いはどうなりますか。

A. 付与時・行使時・株式売却時のどの時点でどのような課税が生じるかは、設計（無償か有償か、行使価額、付与対象者など）によって変わります。ストック・オプション税制という課税の特例（租税特別措置法29条の2）も存在しますが¹¹、適用要件の判断は本記事の範囲を超えるため、必ず税理士等の専門家に相談したうえで設計してください。

書類作成サービスについて

wiz法人登記は、フォームに入力した内容をそのまま反映して、本店移転・目的変更の株主総会議事録・株主リスト・登記申請書などをご自身で作成できるオンラインソフトウェアです(4,500円・税別)。個別の法的判断や申請の代理は行わず、作成した書類はご自身で確認のうえ法務局に申請いただきます。

対応しているのは株式会社の本店移転・目的変更の登記書類で、新株予約権の発行・行使や増資の登記書類の作成には対応していません¹⁷。また、取締役会設置会社・監査役設置会社には対応していません¹⁷。登録免許税などの実費は別途必要です。新株予約権とあわせて本店移転や目的変更の登記を予定している場合に、その部分の書類作成にご利用いただけます。

参照法令・出典（確認日: 2026-09-14）

免責

本記事は一般的な情報提供を目的としたものであり、個別の事案に対する法的助言・税務助言ではありません。種類株式発行会社でない株式会社の一般的な新株予約権の発行を対象としており、種類株式発行会社（種類株主総会。238条4項）・新株予約権付社債・上場会社の役員報酬としての新株予約権（236条3項）などでは規律が異なります。有利発行への該当性、ストックオプションの制度設計・税務上の取扱いなどの個別のケースについては、弁護士・司法書士・税理士または管轄の法務局にご相談ください。記載内容は確認日（2026-09-14）時点の法令・公表情報に基づきます。

会社法2条21号（新株予約権＝株式会社に対して行使することにより当該株式会社の株式の交付を受けることができる権利）・22号（新株予約権付社債）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_2 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴
会社法911条3項12号（新株予約権を発行したときの登記事項。イ新株予約権の数・ロ 236条1項1号から4号までに掲げる事項・ニ行使の条件を定めたときはその条件・ホ 236条1項7号及び238条1項2号に掲げる事項・ヘ払込金額〔登記申請時までに確定していないときはその算定方法〕）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_911 ↩ ↩² ↩³
会社法915条1項（911条3項各号に掲げる事項に変更が生じたときは2週間以内に本店の所在地において変更の登記）・3項1号（新株予約権の行使による変更の登記は毎月末日現在により当該末日から2週間以内にすれば足りる）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_915 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴ ↩⁵ ↩⁶
登録免許税法別表第一24号(一)ヌ（新株予約権の発行による変更の登記＝申請件数1件につき9万円）・(一)ニ（株式会社又は合同会社の資本金の増加の登記＝増加した資本金の額の1000分の7。計算した税額が3万円に満たないときは申請件数1件につき3万円）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/342AC0000000035 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴ ↩⁵
会社法238条（募集事項の決定。1項柱書募集をしようとするときはその都度募集事項を定める・1号内容及び数・2号金銭の払込みを要しないこととする場合はその旨・3号払込金額〔募集新株予約権一個と引換えに払い込む金銭の額〕又はその算定方法・4号割当日・5号払込期日・2項株主総会の決議・3項特に有利な条件／特に有利な金額の場合の理由説明）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_238 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴ ↩⁵ ↩⁶ ↩⁷ ↩⁸ ↩⁹ ↩¹⁰
会社法309条2項柱書・6号（238条2項・239条1項・243条2項等の株主総会は特別決議。議決権を行使することができる株主の議決権の過半数〔3分の1以上の割合を定款で定めた場合はその割合以上〕を有する株主が出席し、出席した株主の議決権の3分の2〔これを上回る割合を定款で定めた場合はその割合〕以上の多数）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_309 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴ ↩⁵
会社法240条（公開会社における募集事項の決定の特則。1項 238条3項各号に掲げる場合を除き「株主総会」を「取締役会」と読み替え・239条不適用・2項割当日の2週間前までの株主への通知・3項公告による代替・4項金融商品取引法4条1項〜3項の届出をしている場合等は2項不適用）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_240 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴ ↩⁵
会社法282条1項（新株予約権を行使した新株予約権者は、当該新株予約権を行使した日に、当該新株予約権の目的である株式の株主となる）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_282 ↩ ↩² ↩³
会社法236条1項（新株予約権の内容。1号目的である株式の数又はその算定方法・2号行使に際して出資される財産の価額又はその算定方法・4号行使することができる期間・5号行使により株式を発行する場合における増加する資本金及び資本準備金に関する事項・6号譲渡による取得について会社の承認を要する旨等）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_236 ↩
会社法287条（新株予約権者がその有する新株予約権を行使することができなくなったときは、当該新株予約権は消滅する）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_287 ↩
国税庁タックスアンサー No.1540「ストック・オプション税制の適用を受けて取得した株式を譲渡した場合」（ストック・オプション税制＝租税特別措置法29条の2第1項）（確認日: 2026-09-14） https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1540.htm ↩ ↩²
会社法239条（募集事項の決定の委任。1項取締役〔取締役会設置会社では取締役会〕への委任・内容及び数の上限・無償の旨又は払込金額の下限・2項無償が特に有利な条件であるとき又は払込金額の下限が特に有利な金額であるときの株主総会における理由説明義務・3項割当日が決議の日から1年以内の募集についてのみ効力）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_239 ↩ ↩² ↩³
会社法243条（募集新株予約権の割当て。1項割当てを受ける者と数の決定・申込数からの減少可・2項目的株式が譲渡制限株式の場合又は譲渡制限新株予約権の場合は株主総会〔取締役会設置会社では取締役会〕の決議・定款で別段の定め可・3項割当日の前日までの通知）・245条1項（申込者は割当日に募集新株予約権の新株予約権者となる）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_243 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴ ↩⁵
会社法246条（募集新株予約権に係る払込み。1項行使期間の初日の前日〔払込期日を定めた場合はその期日〕までに払込金額の全額を払込み・2項会社の承諾を得て金銭以外の財産の給付又は会社に対する債権との相殺可・3項払込みをしないときは行使することができない）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_246 ↩ ↩² ↩³
会社法249条（新株予約権原簿。発行した日以後遅滞なく作成し、新株予約権者の氏名又は名称及び住所・新株予約権の内容及び数・取得した日等を記載又は記録）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_249 ↩ ↩²
会社法280条（新株予約権の行使。1項行使に係る新株予約権の内容及び数・行使する日を明らかにして行使・6項株式会社は自己新株予約権を行使することができない）・281条（行使に際しての払込み。1項行使日に銀行等の払込みの取扱いの場所で236条1項2号の価額の全額を払込み・3項払込み又は給付をする債務と株式会社に対する債権とを相殺することができない）（e-Gov法令検索） https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086#Mp-At_280 ↩ ↩² ↩³ ↩⁴
wiz法人登記サービス仕様（当社確認 2026-08-24: 自動生成の対象は株式会社の本店移転・目的変更に関する株主総会議事録・株主リスト・登記申請書等。新株予約権・増資〔募集株式の発行〕の登記書類は非対応。取締役会設置会社・監査役設置会社は非対応） https://app.wiztouki.com ↩ ↩²

新株予約権の発行と登記｜ストックオプションの仕組み・発行手続・登記事項・登録免許税9万円を条文で整理

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